マンションの区分所有者（入居者）が暴力団員と判明しましたが、退去させることはできますか？

暴力団が入居してしまうと、居室内が改造されたり、傷つくなどの被害が想定されますが、それだけにとどまらず騒音、違法駐車などの迷惑行為、他の住民が暴力団員に怯えたり、抗争事件に巻き込まれる、さらにはマンション周辺の治安が悪化するなど多大な不利益が生じます。
また、このような事態はマンションの資産価値の低下という経済的な不利益にも結びつきます。

本来であれば、契約の前に申し込み者の身元を十分に確認したり、管理規約において暴力団排除条項を設けるなどすべきですが、暴力団員が身元を秘して入居してしまうことがありえます。

入居後に暴力団員の迷惑行為があって、それが「区分所有者の共同の利益に反する行為」といえる場合は、集会において過半数の決議を得たうえで、その行為の停止を求める訴訟を提起することができます（区分所有法57条）。
もっとも、これは個別の行為の停止を求めるものですので、暴力団員が居室を使用する限り、なかなか暴力団員がいることによる住民の不安は除去できないと思われます。そのような場合には、居室の使用禁止、さらには競売の請求を行うことができます（同法58条、59条）。
暴力団員の出入りが盛んで、他の住民を威圧するなど住民の恐怖感を生じさせたり、駐車場やゴミ捨てなどのマンションのルールを守らないなど、マンション住民の平穏な生活が阻害される事情があれば、上記のような法的手段をとることが認められる可能性が高いでしょう。