区分所有者がマンションの規約に違反していますが、やめさせる方法はありますか。

管理規約に違反している場合は、まず管理組合として警告や勧告をして、違反行為をやめるように求めることができます。
それでも、違反行為が続く場合は、法的な手続きを考えなくてはなりません。

その違反行為が、「区分所有者の共同の利益に反する行為」といえる場合は、集会において過半数の決議を得たうえで、その行為の停止を求める訴訟を提起することができます（区分所有法57条）。
共同の利益に反するかは、その行為の性質、行為の必要性、他の住民の不利益の態様・程度を総合的に考慮して、他の住民の受忍限度を超えているかにより判断されます。

例えば、管理規約に反して事業用に居室を使用しており、夜遅くに多数の人の出入りがあり騒音が発生し、他の居住者の平穏な生活が害されているような場合、このような共同の利益に反すると可能性が高いでしょう。
さらに違反行為について共同の利益を害する程度が甚だしい場合で、行為の停止を求めても功を奏しないようなときは、使用禁止（同法58条）や競売（同法59条）を請求することができます。