地代不減額特約を締結する代わりに、地代を安くしてもらった場合でも、減額請求はできますか？

減額請求自体はすることができますが、もともと地代が安いのであれば、減額が認められない場合も多いでしょう。
また、仮に減額が認められたとしても、もともとディスカウントされた地代を負担していたのですから、減額の程度も小さくなる可能性があります。